Ancienne capitale du Bas-Poitou puis la préfecture de département de la Vendée, avant la promotion de La Roche-sur-Yon, Fontenay-le-Comte est maintenant de facto intégrée au pôle métropolitain de Niort et La Rochelle.

Trois ensembles typiques de paysages sont conjugués sur le territoire de la commune : le Bocage vendéen, le Marais poitevin et le Niortais.

Le peuplement attesté est très ancien, favorisé par la présence de fontaines naturelles (qui finiront par donner le nom du lieu). Comme la plupart des bourg environnants, la citée coonnait une période gallo-romaine, avant d'être, au Moyen Âge, sous l'influence des grandes familles d'aristocrates locaux commes les Mauléon et les Lusignan, qui possèdent l'imposant château fort.

Mais dans l'histoire de la citée, l'époque la plus significative est la Renaissance. De là datent les plus beaux bâtiments de la ville qui lui valent un classement "ville d'art et d'histoire".